Mulai semester kedua 2020, Balai Wilayah Sungai Maluku (BWSM) membangun tiga Cek Dam di Sungai Batumerah Kota Ambon, yaitu Cek Dam Yakobus, Cek Dam Petra 1 dan Cek Dam Petra 2. Ketiga Cek Dam ini masuk dalam subproject 4A di project Flood Risk Management in Selected River Basins (FMSRB). Tiga Cek Dam ini direncanakan bisa mengurangi dampak banjir akibat arus deras di Sungai Batumerah yang pendek, curam di beberapa titik dan membawa material longsor.
Konstruksi fisik cek dam dimulai awal Juli 2020 di Cek Dam Yakobus kemudian disusul Cek Dam Petra. Sampai akhir Desember 2020, Cek Dam Yakobus sudah hampir mencapai 100% sedangkan Cek Dam Petra 2 mendekati selesai pada Januari 2021. Satu cek dam lagi yang segera di bangun adalah Cek Dam Petra 1.
Tiga Cek Dam di hulu Sungai Batumerah ini akan dilengkapi dengan pembangunan Cek Dam dan kolam retensi di Rinjani, yang terletak di Negeri Batumerah dan Kelurahan Waihoka.